Здравствуйте. Вы не можете воспользоваться правом на имущественный вычет на каждую квартиру по 1000000 руб. Он предоставляется на всю полученного дохода вцелом. Но помимо 1000000 Вы можете одновременно подтвердить свои расходы документально.
С сайта "Российский налоговый портал"
Цитата:Особенности предоставления имущественного вычета при продаже нескольких объектовРоссийский налоговый порталНапомним, что если у гражданина «на руках» есть документы, подтверждающие расходы по покупке объектов недвижимого имущества, то он вправе воспользоваться налоговым вычетом в сумме произведенных расходов по их приобретению.В такой ситуации имущественный вычет будет предоставляться в сумме произведенных ранее расходов, но не более размера налогового вычета 1 млн руб. по каждому объекту.Какова же особенность предоставления имущественного вычета, если таких подтверждающих документов нет, а физическое лицо продало, например, две квартиры в одном налоговом периоде?Согласно подп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, налоговый имущественный вычет к доходам от продажи такого имущества (как в примере – от продажи двух квартир) применяется в сумме полученного дохода, но не более 1 млн руб. в целом по всем объектам недвижимости. Иными словами, если каждая квартира при продаже стоила по 1 800 000 рублей, то общий доход от продажи составил = 3 600 000 рублей. Получается, что имущественный вычет в данном случае будет не по 1 млн руб. на каждую квартиру, а в целом 1 млн. руб.3 600 000 – 1000 000 = 2 600 000 рублей – это будет налоговая база по НДФЛ.Но возможна и другая ситуация, когда по одной из квартир у гражданина есть документы, подтверждающее расходы на ее приобретение. Тогда, по одной квартире он имеет право получить налоговый вычет в размере 1 млн руб., а по другой – в размере тех расходов, которые были ранее понесены на ее покупку (но не более продажной стоимости).А если гражданин реализует объекты недвижимого имущества, которые не относятся к «жилым» и тоже в количестве более одной единицы?Если гражданин продает строение, которое не относится к «жилому», тогда он вправе получить налоговый вычет в размере 250 000 рублей. В случае, когда в одном налоговом периоде произошла продажа нескольких таких объектов (к примеру, автомобиля, гаража и нежилого строения), то сумму налогового вычета необходимо считать как 250 000 рублей в целом от продажи всех объектов.Физлицо продало два автомобиля, находившиеся в собственности физлица менее 3 лет. Может ли физлицо воспользоваться налоговым вычетом по НДФЛ (до 250 тыс. руб.) по каждому автомобилю?Как ответил Минфин России в письме от 15.03.2011 г. № 03-04-05/9-133, при продаже в одном налоговом периоде двух автомобилей, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик имеет право воспользоваться имущественным налоговым вычетом в сумме, полученной от продажи автомобиля, в размере до 250 тыс. руб. и одновременно уменьшить сумму облагаемого налогом дохода от продажи другого автомобиля на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с его приобретением.В отношении продажи иного имущества вычет в размере 250 тыс. руб. применяется к общей сумме доходов, полученных от продажи всех объектов в налоговом периоде.
А в декларации Вы должны показать доход от всех трех квартир, все зависимости будете платить налог или нет. Документы прилагаете договора продажи и покупки (если будете заявлять документально подтвержденные расходы), документы подтверждающие оплату.